Сюжет Five Nights at Freddy’s AR: Special Delivery имеет сложную структуру, так как совмещает в себе две истории: каноничную и, вероятно, неканоничную. Детали обеих сюжетных линий раскрываются во входящих, куда приходят электронные письма от разных людей и аниматроников. По словам представителей корпорации «Fazbear Entertainment», это происходит из-за технических сложностей с почтовым сервером, который по ошибке может направлять письма неверным адресатам.

Игрок подписывается на услуги, предоставляемые 24-часовым Весёлым набором, однако внезапно подписка на суточные услуги сменяется Вечным набором на 999 лет, из-за которого новые аниматроники без конца приходят к главному герою. Чтобы защитить свою жизнь от неисправных машин, игроку необходимо защищаться разными приспособлениями: фонариком, встроенным в интерфейс наручного монитора, маской Фредди Фазбера из Вечного набора и электрошокером, который выполняет сброс аниматроника.

События основного геймплея происходят в ноябре 1993 года. Разворачивается действие на втором этаже дома Афтонов, куда после своих ночных смен в «Пиццерии Фредди Фазбера» приходит Майкл Афтон и где он видит кошмары. В кошмарах он представляет себя своим младшим братом, Плачущим мальчиком, в Спальне, на которую проводят атаку Кошмарные аниматроники — нематериальные образы реальных аниматроников-маскотов из заведения, где работает Майкл. Помимо этого в его кошмарах присутствует коридор чердака, где на него охотится Плюштрап.

Мини-игры после ночей рассказывают предысторию событий основного геймплея. Их действие разворачивается в доме Афтонов, «Семейной закусочной Фредбера» и окрестностях летом 1983 года за неделю до дня рождения младшего сына Уильяма. Плачущий мальчик в течение недели подвергается насмешкам своего старшего брата Майкла: тот пугает мальчика разными способами. Мальчик же перемещается по дому, ресторану и улице, а в это время с ним общается его отец, использующий ранее размещенные повсюду копии Плюшевого Фредбера.

Он пытается приободрить ребёнка и помочь ему избежать встречи с аниматорами закусочной, которых мальчик боится, однако каждый день Плачущий мальчик заканчивается одинаково: мальчик падает на землю и начинает рыдать. В конце концов во время вечеринки в честь дня рождения Майкл со своими друзьями хватают Плачущего мальчика, подносят к Фредберу, выступающему на сцене в закусочной вместе с Пружинным Бонни и помещают голову ребёнка в пасть аниматроника. Через некоторое время верхняя челюсть Фредбера захлопывается, из-за чего Плачущий мальчик получает травму и попадает в больницу. Там Майкл навещает его и извиняется за содеянное. Мальчик же, пребывая в предсмертном состоянии, видит образы своих игрушек, в том числе Плюшевого Фредбера, который даёт ребёнку обещание «собрать его воедино», а затем исчезает. По итогу мини-игр Плачущий мальчик погибает, а его душой оказывается одержим Фредбер, позднее известный как Золотой Фредди.

В этой части франшизы игрок вновь выступает в роли ночного охранника Майкла, но под псевдонимом — Джереми Фицджеральд. Действия игры происходят в выдуманной пиццерии Freddy Fazbear’s Pizza. По ночам аниматроники свободно ходят по пиццерии. Каждую ночь игрок слушает Телефонного парня, который, как и в первой части, дает инструкции, ценные советы и другую информацию по сюжету и происходящему. Здесь мы и узнаем о заведении Fredbear’s Family Diner, которое было закрыто 4 года назад.

По словам Телефонного парня, аниматроники до сих пор видят главного героя как эндоскелет без костюма, и при поимке попытаются насильно надеть костюм, что смертельно для героя.

Действия разворачиваются в высокотехнологичном подземном «Развлекательном центре и арендном бюро Цирковой Бейби», предназначенном для хранения роботов-аниматроников и сдачи помещений с ними в аренду. Аниматроники, как и элементы оборудования, изначально находились не в комплексе, а в сестринском ресторане франшизы Фредди Фазбера под названием «Мир пиццы Цирковой Бейби». Основанная в 1983 году пиццерия не проработала и дня, т.к. во время одного из пробных посещений в ней была убита Элизабет, дочь основателя франшизы Уильяма Афтона. Девочка умерла от одной из машин Афтона и маскота пиццерии — Цирковой Бейби. Впоследствии дух Элизабет Афтон перешёл внутрь самой Бейби, однако этот процесс не оказал большого влияния на способности её ИИ.

Спустя долгое время, между 1985 и 1987 годами, в «Развлекательный центр и арендное бюро Цирковой Бейби» устраивается техником старший сын Уильяма Афтона по имени Майкл, которого система комплекса ХэндЮнит отмечает под автоматически сгенерированным именем «Яйца Бенедикт». Отец дал Майклу задание отыскать и «собрать заново» Элизабет, чья сущность заточена внутри Бейби. Сам же аниматроник подозревает о замысле брата девочки, но не собирается оказывать содействие. Цирковая Бейби уже давно планирует побег из подземного комплекса, чтобы продолжить то, для чего её запрограммировал создатель.

Игрок выступает в роли ночного охранника — Майкла Афтона, взявшим себе псевдоним Майк Шмидт. Действия игры происходят в выдуманной «Пиццерии Фредди Фазбера» в 1993 году. По ночам аниматроники свободно ходят по пиццерии и предпринимают попытки проникнуть в офис, чтобы убить Майка. Поначалу ему названивает Телефонный парень, чтобы дать инструкции, ценные советы и другую информацию по сюжету и происходящему, но на четвёртую ночь неизвестный умирает от рук аниматроников.

После прохождения пятой ночи Майкл Афтон получает чек с зарплатой в $120. После прохождения шестой ночи, зарплата повышается на $0.5. После седьмой (своей) ночи Майкла увольняют по причине порчи аниматроников (проникновение в систему ИИ аниматроников), непрофессионализма и дурного запаха.

Помимо всего прочего, Телефонный парень объясняет поведение аниматроников тем, что им намерено позволили ходить в «режиме свободного роуминга», чтобы их сервоприводы не заблокировались, а также специальной программой, из-за которой аниматроники видят в охранниках эндоскелеты и стараются как можно скорей засунуть их в костюм Фредди Фазбера, т.к. посетители не должны видеть голый эндоскелет. Однако, всё это лишь враньё со стороны корпорации, чтобы скрыть истинную причину паранормального поведения аниматроников, а именно их одержимость душами детей, которых Уильям Афтон в костюме Пружинного Бонни убил в 1985 году, заманив в Безопасную комнату.

Сюжет Five Nights at Freddy’s 3 объединяет в себе элементы как актуального, так и устаревшего канона. Действия игры, являющиеся частью актуальной сюжетной линии, происходят спустя 30 лет после закрытия «Пиццерии Фредди Фазбера», в аттракционе ужасов под названием «Ужас Фазбера». Его владельцы спустя много лет после закрытия заведений франшизы решают возродить легенду, навеянную историями и слухами о событиях, случавшихся в ресторанах с аниматрониками.

За неделю до открытия здания в аттракцион на должность ночного охранника нанимается Майкл Афтон. Телефонный чел звонит ему во время второй смены, вводя в курс дела, а также рассказывая о том, что один из проектировщиков старых заведений указал на наличие в них запечатанной комнаты.

Через некоторое время после пожара в аттракционе ужасов, во время которого Спрингтрап, одержимый душой серийного убийцы Уильяма Афтона, сбегает, бывший партнёр Уильяма, Генри Эмили, решает закончить начатую маньяком историю, поймав и уничтожив всех оставшихся одержимых аниматроников. Он восстанавливает заброшенную «Пиццерию Фредди Фазбера» и с помощью найденных остатков классических роботов создаёт для неё новых аниматроников, среди которых Лефти — специально спроектированный маскот, который должен найти и поймать Марионетку, в котором заключена душа дочери Генри.

На зов, распущенный Генри, откликаются четверо роботов: разделившиеся на Разрушенную Бейби и Сплавленного Фредди остатки Эннарда, скитавшийся по свалкам разрушенный Спрингтрап и Лефти, успешно поймавший Марионетку. Все они по очереди приходят на аллею рядом с пиццерией, откуда их, согласно четвертому пункту договора, забирает Майкл; каждого робота он помещает внутрь лабиринта. В конце недели все аниматроники оказываются собраны в ловушке.

Генри устраивает пожар, уничтожая всех одержимых маскотов и освобождая из них остаток погибших детей. В пожаре погибает и сам Генри вместе с Майклом, однако душа Уильяма сохраняется, т.к. его находит и заключает в подобие «персонального ада» разгневанный Мстительный дух.

События игры происходят после событий FFPS, а именно после пожара. Завязка была заложена ещё в предыдущей игре Генри.

Все души освободились, за исключением души Кэссиди, которого терзает чувство мести. Он заключает своего убийцу, Уильяма Афтона, отказывающегося исчезать, в ад с вечными страданиями в виде аниматроников.

При прохождении игры на 10000 очков игрок видит дергающегося Золотого Фредди. Этот момент подписан как «Final».

История основного геймплея завязана на злодеяниях инди-разработчика, который пытается обмануть игрока и заставить его играть в созданные им истории. По его советам Приключенческие аниматроники пробираются через различные локации, побеждая множество врагов, чтобы исправить нечто, что исказило дружелюбный окружающий мир Аниматроники и привело к появлению зла. Впоследствии они также побеждают одного из аватаров рассказчика, Анимдуда, раскрывая его истинные планы.

После произошедшего рассказчик сходит с ума и создаёт посредственные мини-игры, используя код различных персонажей. Он также планирует создание особого проекта, на стражу которого ставит босса. Когда команда аниматроников отключает все мини-игры, оказывается, что уже слишком поздно: чтобы не разочаровать людей, человек создаёт Бейби, которая убивает его.

Хотя данные события не относятся к канону серии игр напрямую, игра FNaF World создаётся инди-разработчиком для распространения слухов о франшизе пиццерий Fazbear Entertainment, Inc., а персонажи из неё становятся маскотами компании.

Компания Fazbear Entertainment разработала The Freddy Fazbear Virtual Experience, игру виртуальной реальности, основанную на легендах о пиццерии Фредди Фазбера. Однако из-за объектов, которые были отправлены для сканирования данных, в игру вторглась злобная сущность или вредоносный код. Игрок должен уничтожить вирус, прежде чем игра будет выпущена для публики.

В игре есть два игровых режима (Обычный и Ультрафиолетовый), между которыми игрок может переключаться. При этом при переходе в Ультрафиолетовый режим цвета предметов с более обыденных изменяются на разные светящиеся оттенки, также преобладают красный и синий цвета, а уровни становятся более сложными и отличаются от их оригинальных версий.

События разворачиваются после Five Nights at Freddy’s: Help Wanted и постройки огромного развлекательного комплекса «Мега пиццаплекс Фредди Фазбера», проработавшего уже несколько лет. 9 марта за несколько часов до его закрытия бездомному мальчику Грегори удаётся незаметно проскользнуть в зал атриума во время представления Глэмрок-аниматроников. Ещё тогда его начинает преследовать охранница Ванесса, одержимая Уильямом Афтоном.

Глэмрок Фредди замечает Грегори в толпе, что вызывает сбой программы: ребёнка нет в реестре гостей, о нём отсутствует любая информация. Фредди Фазбер отключается и падает прямо на сцене. Воспользовавшись моментом, Грегори забирается внутрь грудной полости аниматроника и прячется до тех пор, пока Фредди не увозят в гримёрку. В мерах предосторожности техники перевели Фредди в режим ограниченного электропитания, в связи с чем он не способен работать автономно в течение долгих промежутков времени и требует регулярного подключения к зарядной станции.

Фредди обнаруживает Грегори за полчаса до закрытия заведения и помогает ему добраться до выхода, снабдив электронными Фаз-часами и позволив прятаться в грудной полости, предназначенной для транспортировки больших тортов и пиньят. Тем временем Ванесса направляет остальных аниматроников на поиски ребёнка. Фредди сталкивается с ней в служебном медпункте, куда отвёл Грегори, заметив, что тот ранен. Мальчику удалось скрыться от охранницы, а Фредди так и не выдал его, ослушавшись поручений Ванессы. Из-за того, что Грегори прервал цикл зарядки, Фредди пришлось покинуть его, чтобы восполнить батарею. Мальчику приходится спасаться от враждебных машин самому, запоминая их повадки и получая сообщения от своего компаньона через Фаз-часы.